הקצעת שורשים נקראת גם ניקוי שיניים עמוק, ניקוי אבנית עמוק או גרידת חניכיים. 

הקצעת שורשים היא ניקוי האבנית והחיידקים כשהם מצטברים לא רק על כתר השן - החלק החיצוני שלה, אלה גם על השורש - מתחת לחניכיים. במקרה כזה חשוב להסיר את החיידקים והאבנית כדי למנוע דלקות חניכיים חריפות עתידיות, או להקל על דלקות קיימות. בגלל המיקום של האבנית, השיננית או הרופא ייכנסו עם כלי הניקוי לכיס שבין החניכיים לשן, ויגרדו את הלכלוך גם מהשורש (ומכאן השמות - גרידת חניכיים או הקצעת שורשים).

הטיפול מתקיים תחת הרדמה מקומית, ומורכב מסדרת פגישות. בראשונה יצלם הרופא את השיניים, וגם יבדוק את עומק החניכיים ואת מצב הפה - האם החלה ספיגת עצם? האם יש תמיכה מספקת לשיניים?
לאחר מכן יחלק את הפה לשניים או ארבעה חלקים, ובכל טיפול יטפל בחלק אחד. הטיפול נעשה תוך מעקב צמוד אחר מצב החניכיים בין פגישה לפגישה.

 את הטיפול יכולים לבצע מומחה לרפואת חניכיים, או שיננית מוסמכת.